Il particolare aspetto incontaminato e la sensazione più autentica di isolamento è data all’isola dalla sua conformazione che, nella parte più alta e visibile culmina nel Monte Falcone e i suoi quasi settecento metri di altezza. La sua natura ne fa un luogo in cui per lunghi periodi durante l’inverno, traghetti e aliscafi non hanno nessuna possibilità di attracco. Talvolta anche in estate il vento contribuisce a tenere lontane le imbarcazioni e gli eventuali visitatori. Marettimo non fa nulla per rendere il suo territorio fruibile dal turismo di massa appoggiando una politica di totale e assoluta assenza di macchine. Qui si viene per godere appieno del silenzio a cui fa unico contrappunto sonoro il rumore del mare e dei gabbiani.

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L’isolamento ambientale e geologico di Marettimo è anche la causa della particolarità della sua flora e della sua fauna: la sua conformazione, un misto di rocce calcaree e dolomitiche è ciò che ha permesso a Marettimo di vedere conservate specie vegetali scomparse altrove, mentre aquile, falchi pellegrini e barbagianni, insieme a cervi e mufloni sono gli abitanti delle zone selvagge del Monte Falcone.